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配列のアラインメント作成ツールClustalWを使い倒す
ClustalW(「クラスタルダ ル」と読みます)は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。 ここでは、例としてヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリー 塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。
 
Uploaded: November 30, 1999 at 12:00 am
Author: togotv
 
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Tags: bio  clustalw  dbcls  PCR  PPAR  primer  togotv  アミノ酸  アラインメント  タンパク質  使い方  生命科学  系統樹  統合TV  進化  遺伝子  配列解析  
 
CLUSTALWで配列のアラインメントを作成する
高画質版はコチラ　 http://togotv.dbcls.jp/2007080... ClustalW(「クラスタルダ ル」と読みます)は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。比較的簡単な操作で系統樹作成なども行うことができます。 ここでは、例としてヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリー 塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。
 
Uploaded: November 30, 1999 at 12:00 am
Author: togotv
 
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Tags: clustalw  dbcls  PPAR  togotv  使い方  生命科学  統合TV  
 
Ensembl tips 〜塩基配列のアラインメントを作成する〜
高画質版はコチラ　 http://togotv.dbcls.jp/2008030... Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持さ ているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。 今回はEnsemblを使って遺伝子の塩基配列を生物種間で比較し、そのアラインメントを作成・閲覧する方法について紹介しています。以前の番組で紹介した CLUSTALWで配列のアライ メントを作成すると内容的には同じですが、CLUSTALWを用いる場合は比較する塩基配列を自分で用意しなければいけません。Ensemblではその手間が省けるほか、遺伝子のプロモーター配列が存在する上流配列などを付加した上で簡単にアラインメントを作成することができます。
 
Uploaded: November 30, 1999 at 12:00 am
Author: togotv
 
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Tags: dbcls  ensembl  togotv  アラインメント  プロモーター  使い方  生命科学  統合TV  配列比較  
 
SmartNote Bioinformatics Web Application and more
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Author: aliumiraibio
 
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Tags: analysis  bioinformatics  biology  blast  clustalw  cpg  dna  dnasis  ebi  emboss  expasy  miraibio  ncbi  primer3  primers  primerx  
 
機能既知遺伝子をデータベースから検索する（3/3 TreeViewによる系統樹作成）
高画質はこちら　 http://togotv.dbcls.jp/2008061... 機能未知の遺伝子がど ような機能を持っているのかを調べるときにまず行われるのは、機能が分かっている遺伝子との比較です。前々回の番組でDDBJ (DNA Data Bank of Japan)の検索サービスであるARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation)を使って、検 した遺伝子の近縁配列を入手する方法を紹介しました。また、前回の番組でClustalWを使って系統樹を作成するための系統解析データを入手する方法を紹介しました。今回は３部作の締めくくりとして、TreeViewというツールを使って得られた系統解析データから系統樹を作成・表示する方法について紹介しています。
 
Uploaded: November 30, 1999 at 12:00 am
Author: togotv
 
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Tags: dbcls  togotv  使い方  生命科学  統合TV  
 
機能既知遺伝子をデータベースから検索する（2/3 C
高画質はこちら　 http://togotv.dbcls.jp/2008061... 機能未知の遺伝子がど ような機能を持っているのかを調べるときにまず行われるのは、機能が分かっている遺伝子との比較です。前回の番組でDDBJ (DNA Data Bank of Japan)の検索サービスであるARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation)を使って、検 した遺伝子の近縁配列を入手する方法を紹介しました。今回は、これらの取得した配列データ群から系統樹を作成するためにClustalWを実行する方法を紹介しています。
 
Uploaded: November 30, 1999 at 12:00 am
Author: togotv
 
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